定制软件成为公司的主要选择的原因有以下几个：

满足特定需求：每个企业都有独特的业务需求和流程，通用软件无法完全满足所有企业的需求。定制软件可以根据企业的具体需求进行开发，提供个性化的功能和解决方案，以确保软件能够完全满足企业的特定需求。

竞争优势：通过定制软件，企业可以根据自身的业务需求和战略目标进行定制开发，从而获得竞争优势。定制软件可以根据企业的独特需求进行优化，帮助企业提高效率、减少成本、提供更好的客户体验等，从而在市场上脱颖而出。

数据安全和隐私：定制软件可以为企业提供更高的数据安全和隐私保护。企业可以根据自身需求设计和实施安全措施，确保数据在软件内部和传输过程中的安全性。相比使用第三方通用软件，企业对定制软件的数据控制和保护更加有把握。

灵活性和可扩展性：定制软件具有较高的灵活性和可扩展性。随着企业的发展和变化，定制软件可以随之进行调整和升级，以适应新的需求和挑战。企业可以根据自身的发展路径和策略对软件进行定制，确保软件与企业的发展保持一致。

长期投资回报：虽然定制软件的开发和维护成本较高，但它可以带来长期的投资回报。通过定制软件，企业可以提高效率、降低成本、提升竞争力，从而实现长期的商业利益和价值。

需要注意的是，定制软件的开发需要充分的规划和沟通，确保对企业需求的准确理解和正确实施。同时，定制软件的开发和维护也需要专业的技术团队来支持和管理。因此，企业在选择定制软件时需要综合考虑成本、效益和可行性等因素。